Ein Teilgebiet der Inneren Medizin, das sich mit Magen-Darmerkrankungen befasst, ist die weniger bekannte Gastroenterologie. Das Fachgebiet widmet sich auch Erkrankungen des Verdauungstrakts mit der Leber und der Gallenblase. Auch Stoffwechselstörungen werden diagnostiziert und therapiert. Innerhalb der Fachbereiches der Gastroenterologie spielt vor allem die Endoskopie eine Schlüsselrolle. Unter dem Begriff Endoskopie werden minimal-invasive Eingriffe mit biegsamen Instrumenten verstanden, die zum Beispiel bei der Diagnose von Magen-Darmerkrankungen oder Gallenleiden bildgebend sind. Hierzu gehören zum Beispiel Magenspiegelungen, Darmspiegelungen oder Spiegelungen der Gallenwege oder der Bauchspeicheldrüsengänge. Unter dem medizinischen Fachbegriff Laparoskopie versteht man die Spiegelung der Bauchhöhle. Auch kleinere operative Eingriffe können in der Endoskopie vorgenommen werden, zum Beispiel um Gewebeproben zu entnehmen. Man kann mit dem Endoskop auch Gallensteine oder Darmpolypen entfernen. Ein Spezialgebiet innerhalb der Gastroenterologie ist die Hepatologie, die sich mit der Diagnostik und Therapie von Leber und Galle beschäftigt. In der Regel führen spezialisierte Gastroenterologen die Behandlungen durch. Vor allem Gallensteinleiden und nachhaltige Leberschädigungen werden in der Hepatologie therapiert. Die gastroenterologische Onkologie befasst unter anderem mit Magen- und Darmkrebsleiden. Es gibt eine Vielzahl an gastroenterologischen Erkrankungen, die unter das Fachgebiet der Inneren Medizin fallen. Hierzu gehören zum Beispiel: Magengeschwüre, Tumore im Verdauungstrakt, entzündliche Darmerkrankungen oder akute und chronische Lebererkrankungen, wie die Leberzirrhose. Auch entzündliche Erkrankuungen der Bauchspeicheldrüse werden behandelt.

Vor allem werden auch zahlreiche Funktionsstörungen der Organe behandelt, wie zum Beispiel die Gruppe der Darmerkrankungen, die unter das Reizdarmsyndrom fallen. Die endoskopischen Untersuchungen innerhalb der Gastroenterologie haben die Effizienz bei der Diagnose und Therapie von Magen-Darmkrankheiten stark erhöht. Die Erfahrung der Fachärzte bei den endoskopischen Eingriffen spielt eine zentrale Rolle. Vor allem auch die Hygienevorschriften sind sehr wichtig bei den minimal-invasiven Eingriffen, die meist stationär durchgeführt werden, und wenn erwünscht, auch unter Narkose durchgeführt werden können.